Le CEREBA a quatre organes : Assemblée Générale, le Conseil d’Administration, la Commission de Contrôle et la Direction.
L’Assemblée Générale se réunit une seul fois l’an pour évaluer les activités du CEREBA et valider les grandes décisions affectant les politiques de l’organisation. C’est l’organe suprême auquel les membres, les agents jouant des responsabilités importantes et partenaires prennent part.
Le Conseil d’Administration se tient deux fois l’an et valide les rapports de la direction et rapport de la Commission de Contrôle. C’est l’organe de guidance ou orientation.
La Commission de Contrôle assure l’audit interne du CEREBA et présente son rapport au conseil d’administration. Elle s’assure de la bonne gestion des matériels, des finances et du personnel au sein du CEREBA. C’est l’organe de régulation.